Родился С. П. Боткин 17 сентября 1832 года в Москве. Дед его был крестьянином Псковской губернии, а отец был зажиточным московским купцом. Он имел обширные торговые дела, занимался чайной оптовой торговлей в Китае. Петр Боткин был человек недюжинного ума и способностей, которые сказались в его детях – писателе Василии, лейб – медике Сергее, художнике – академике Михаиле Петровиче и внуках, из которых двое были почетными лейб – медиками, а двое имели придворное звание и служили на дипломатическом поприще.